Nato a Padova nel 1877, studiò medicina nella propria città e dopo la laurea, ottenuta nel 1901, divenne assistente e in seguito aiuto di Dante Bertelli, anatomista e morfologo di fama. Avendo al suo attivo svariati contributi pubblicati ancora studente, nel 1906 ottenne la libera docenza in anatomia, fu incaricato di anatomia topografica a Padova e insegnò anatomia artistica nell’Istituto di belle arti a Venezia. Rientrato dal fronte, nel primo dopoguerra ebbe la cattedra di anatomia umana a Messina e poi a Bari, dove divenne anche direttore di istituto e primo preside della facoltà di medicina e chirurgia, dopo aver letto una prolusione inaugurale di argomento leonardesco. Nel 1926 ebbe la cattedra di anatomia a Modena che tenne fino a fine carriera, nonostante ripetuti tentativi di farsi chiamare a Padova (dove avevano insegnato il padre e il nonno materno) rimasti sempre senza esito.

Al di là degli impegni didattici e organizzativi come l’avvio di una sezione istologica e l’ampliamento del museo, si distinse come studioso di morfologia ed embriologia, con all’attivo numerose pubblicazioni basate sul metodo comparativo. Collaborò anche alla stesura di trattati di anatomia, alcuni destinati a una fortunata circolazione. Indirizzato da Antonio Favaro agli studi storici, si occupò di Girolamo Fabrici d’Acquapendente, di Antonio Scarpa e di Leonardo da Vinci, seguendo gli insegnamenti e le orme del padre, che lo condussero fra i membri della Commissione vinciana. Fece parte anche del comitato per la storia dell’Università di Modena.

Sostenitore del latino come lingua scientifica internazionale, promuoveva incontri e dibattiti, partecipava a concorsi e certamina, vincendone uno col carme Mors laniata che dettagliava in versi un’autopsia. Fascista convinto, nel secondo dopoguerra, dopo una lunga trattativa con Sebastiano Timpanaro senior e Giovanni Gentile, rispettivamente direttore e presidente della Domus Galilaeana di Pisa, cedette la biblioteca e l’archivio del padre, contribuendo a farne uno dei fondi principali dell’istituto pisano. Giuseppe Favaro morì a Fiesso d’Artico nel 1954, dove si presume avesse continuato a conservare le carte paterne riguardanti la sfera familiare e privata, che ad oggi non si sono ritrovate, complice anche l’assenza di eredi diretti.