- una prima parte, che restituisce il compendio dei materiali di Hérnandez realizzato da Recchi, e commentato dal linceo tedesco Ioannes Schreck, è suddivisa in dieci libri (Libro I: Recchi esplicita le proprie scelte metodologiche; Libri II-VIII: Piante; Libro IX: Animali; Libro X: Minerali)

 - segue un centinaio di pagine in cui Schreck recupera dai materiali di Recchi oltre 300 piante non incluse in prima battuta nel corpus del Tesoro, dedicando particolare cura alla descrizione dei loro colori (Aliarum Novae Hispaniae plantarum e Subsequentium plantarum icones).

 - una seconda parte ospita il consistente commento di 35 animali messicani a opera di Johann Faber (Aliorum Novae Hispaniae animalium...imagines et nomina): un ricchissimo trattato che, combinando approccio anatomico, storico, mitologico, zoologico, offre preziose informazioni per ricostruire le vie attraverso le quali notizie ed esemplari del Nuovo Mondo giungono e si diffondono a Roma.

 - una terza sezione è rappresentata dalle Annotationes et Additiones di Fabio Colonna, che integrano le informazioni botaniche già offerte da Schreck nella sua appendice alla prima parte (pp. 841-899).

 - un quarto nucleo tematico è costituito dalle 20 Tabulae Phytosophicae di Federico Cesi.

 - a seguire i tre Indici (Index Medicamentorum; Index Authorum; Index Plantarum, Animalium et Mineralium).

 - infine, il Liber unicus, un compendio dell’originario materiale di Francisco Hernandez fatto copiare da Cassiano Del Pozzo, durante il suo soggiorno a Madrid nel 1626. Il compendio fu inserito nella stampa finale del 1651.